Les peptides pénétrant dans les cellules sont de petits peptides qui peuvent facilement pénétrer dans la membrane cellulaire.Cette classe de molécules, en particulier les CPP dotés de fonctions de ciblage, est prometteuse pour une administration efficace des médicaments aux cellules cibles.
Par conséquent, les recherches à ce sujet ont une certaine importance biomédicale.Dans cette étude, les CPP ayant différentes activités transmembranaires ont été étudiés au niveau de la séquence, en essayant de découvrir les facteurs affectant l'activité transmembranaire des CPP, les différences de séquence entre les CPP ayant des activités différentes et les NonCPP, et d'introduire une méthode d'analyse des séquences biologiques.
Les séquences CPP et NonCPP ont été obtenues à partir de la base de données CPPsite et de différentes littératures, et des peptides transmembranaires (HCPP, MCPP, LCPP) ayant une activité transmembranaire élevée, moyenne et faible ont été extraits des séquences CPP pour construire des ensembles de données.Sur la base de ces ensembles de données, les études suivantes ont été menées :
1, La composition en acides aminés et en structure secondaire de différents CPP et NonCPP actifs a été analysée par ANOVA.Il a été constaté que les interactions électrostatiques et hydrophobes des acides aminés jouaient un rôle important dans l'activité transmembranaire des CPP, et que la structure hélicoïdale et l'enroulement aléatoire affectaient également l'activité transmembranaire des CPP.
2. Les propriétés physiques et chimiques et les longueurs des CPP ayant différentes activités ont été affichées sur le plan bidimensionnel.Il a été constaté que les CPP et les NonCPP ayant des activités différentes pouvaient être regroupés sous certaines propriétés spéciales, et que les HCPP, les MCPP, les LCPP et les NonCPP étaient divisés en trois groupes, montrant leurs différences ;
3. Dans cet article, le concept de centroïde physique et chimique de la séquence biologique est introduit, et les résidus composant la séquence sont considérés comme des points de particules, et la séquence est résumée comme un système de particules pour la recherche.Cette méthode a été appliquée à l'analyse des CPP en projetant des CPP avec différentes activités sur le plan 3D par la méthode PCA, et il a été constaté que la plupart des CPP se regroupaient et que certaines LCPP se regroupaient avec des non-CPP.
Cette étude a des implications pour la conception des CPP et la compréhension des différences dans les séquences de CPP avec différentes activités.De plus, la méthode d'analyse du centroïde physique et chimique des séquences biologiques présentée dans cet article peut également être utilisée pour l'analyse d'autres problèmes biologiques.En même temps, ils peuvent être utilisés comme paramètres d’entrée pour certains problèmes de classification biologique et jouer un rôle dans la reconnaissance de formes.
Heure de publication : 15 juin 2023