Schéma de conception et solution de la chaîne peptidique polypeptidique

I. Résumé
Les peptides sont des macromolécules spéciales telles que leurs séquences sont inhabituelles dans leurs caractéristiques chimiques et physiques.Certains peptides sont difficiles à synthétiser, tandis que d’autres sont relativement faciles à synthétiser mais difficiles à purifier.Le problème pratique est que la plupart des peptides sont légèrement solubles dans les solutions aqueuses, donc lors de notre purification, la partie correspondante du peptide hydrophobe doit être dissoute dans des solvants non aqueux. Par conséquent, ces solvants ou tampons sont susceptibles d'être gravement incompatibles avec l'utilisation. de procédures expérimentales biologiques, de sorte qu'il est strictement interdit aux techniciens d'utiliser le peptide à leurs propres fins, de sorte que voici plusieurs aspects de la conception de peptides pour les chercheurs.

Schéma de conception et solution de la chaîne peptidique polypeptidique
Deuxièmement, le choix correct des peptides synthétiques difficiles
1. Longueur totale des séquences régulées négativement
Les peptides de moins de 15 résidus sont plus faciles à obtenir car la taille du peptide augmente et la pureté du produit brut diminue.Comme la longueur totale de la chaîne peptidique dépasse 20 résidus, la quantité précise de produit est une préoccupation majeure.Dans de nombreuses expériences, il est facile d’obtenir des effets inattendus en abaissant le nombre de résidus en dessous de 20.
2. Diminuer le nombre de résidus hydrophobes
Les peptides avec une large prédominance de résidus hydrophobes, en particulier dans la région 7 à 12 résidus à partir de l'extrémité C-terminale, provoquent généralement des difficultés de synthèse.Ceci est considéré comme une combinaison inadéquate précisément parce qu’une feuille pliée en B est obtenue lors de la synthèse."Dans de tels cas, il peut être utile de convertir plus de deux résidus positifs et négatifs, ou de mettre du Gly ou du Pro dans le peptide pour déverrouiller la composition peptidique."
3. Régulation négative des résidus « difficiles »
"Il existe un certain nombre de résidus Cys, Met, Arg et Try qui ne sont généralement pas facilement synthétisés."Ser sera généralement utilisé comme alternative non oxydante à Cys.
Schéma de conception et solution de la chaîne peptidique polypeptidique

Troisièmement, améliorez le choix correct du soluble dans l'eau
1. Ajustez la terminaison N ou C
Par rapport aux peptides acides (c'est-à-dire chargés négativement à pH 7), l'acétylation (acétylation à l'extrémité N-terminale, l'extrémité C conservant toujours un groupe carboxyle libre) est particulièrement recommandée pour augmenter la charge négative.Cependant, pour les peptides basiques (c'est-à-dire chargés positivement à pH 7), l'amination (groupe amino libre en extrémité N-terminale et amination en extrémité C-terminale) est particulièrement recommandée pour augmenter la charge positive.

2. Raccourcir ou allonger considérablement la séquence

Certaines séquences contiennent un grand nombre d'acides aminés hydrophobes, tels que Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr et Ala, etc. Lorsque ces résidus hydrophobes dépassent 50 %, ils ne sont généralement pas faciles à dissoudre.Il peut être utile d'allonger la séquence pour augmenter encore les pôles positifs et négatifs du peptide.La deuxième option consiste à réguler négativement la taille de la chaîne peptidique pour augmenter les pôles positifs et négatifs en régulant négativement les résidus hydrophobes.Plus les côtés positifs et négatifs de la chaîne peptidique sont forts, plus elle est susceptible de réagir avec l'eau.
3. Mettre un résidu soluble dans l'eau
Pour certaines chaînes peptidiques, la combinaison de certains acides aminés positifs et négatifs peut améliorer la solubilité dans l’eau.Notre société recommande de combiner l'extrémité N-terminale ou C-terminale des peptides acides avec Glu-Glu.L'extrémité N ou C du peptide basique a été donnée, puis Lys-Lys.Si le groupe chargé ne peut pas être placé, Ser-Gly-Ser peut également être placé au terminus N ou C.Cependant, cette approche ne fonctionne pas lorsque les côtés de la chaîne peptidique ne peuvent pas être modifiés.